株式会社リバース・プロテオミクス研究所代表取締役社長

2006年5月 - 2008年6月

株式会社リバース・プロテオミクス研究所取締役研究所長

2001年5月 - 2006年5月

筑波大学大学院生命環境科学研究科教授（連携大学院）

2005年7月 - 2011年3月

筑波大学大学院生命環境科学研究科客員教授（連携大学院）

2000年4月 - 2005年6月

筑波大学生物科学系客員教授（連携大学院）

1998年4月 - 2000年3月

株式会社ヘリックス研究所第一研究部門部長研究員

1996年5月 - 2002年3月

National Institutes of Health, National Institute of Child Health and Human Development, USA (William A. Gahl’s Lab.)留学

1994年12月 - 1996年1月

藤沢薬品工業株式会社（現アステラス製薬株式会社）探索研究所主任研究員

1988年4月 - 1996年4月

藤沢薬品工業株式会社（現アステラス製薬株式会社）探索研究所主任

1984年4月 - 1988年3月

東京大学応用微生物研究所第二研究部（遺伝・育種）受託研究員

1979年10月 - 1981年9月

藤沢薬品工業株式会社（現アステラス製薬株式会社）中央研究所等

1973年4月 - 1984年3月

福島県立医科大学   ふくしま国際医療科学センター 医療-産業TRセンター   特任教授

2022年4月 - 現在

福島県立医科大学   ふくしま国際医療科学センター 医療-産業TRセンター   教授

2017年2月 - 2022年3月

Comparative Analysis of Human Src-family Kinase Substrate Specificity

Takeda, Hiroyuki; Kawamura, Yoshifumi; Miura, Aya; Mori, Masatoshi; Wakamatsu, Ai; Yamamoto, Jun-ichi; Isogai, Takao; Matsumoto, Masaki; Nakayama, Keiichi; Natsume, Tohru; Nomura, Nobuo; Goshima, Naoki

J. Proteome Res.   9 ( 11 )   5982 - 5993   2010年

Development of Novel Synthetic Hydrophilic Resin for Drug-Protein Interaction Analysis

Akito Tanaka & Takao Isogai

Frontiers in Drug Design & Discovery   5   41 - 66   2010年

Identification and Functional Analyses of 11,769 Full-length Human cDNAs Focused on Alternative Splicing

Ai Wakamatsu, Kouichi Kimura, Jun-ichi Yamamoto, Tetsuo Nishikawa, Nobuo Nomura, Sumio Sugano, Takao Isogai

DNA Res.   16   371 - 383   2009年

Human Gene and Protein Database (HGPD): a novel database presenting a large quantity of experiment-based results in human proteomics

Yukio Maruyama, Ai Wakamatsu, Yoshifumi Kawamura, Kouichi Kimura, Jun-ichi Yamamoto, Tetsuo Nishikawa, Yasutomo Kisu, Sumio Sugano, Naoki Goshima, Takao Isogai, Nobuo Nomura

Nucleic Acids Res.   37   D762-D766   2009年

Human protein factory for converting the transcriptome into an in vitro–expressed proteome

Naoki Goshima, Yoshifumi Kawamura, Akiko Fukumoto, Aya Miura, Reiko Honma, Ryohei Satoh, Ai Wakamatsu, Jun-ichi Yamamoto, Kouichi Kimura, Tetsuo Nishikawa, Taichi Andoh, Yuki Iida, Kumiko Ishikawa, Emi Ito, Naoko Kagawa, Chie Kaminaga, Kei-ichi Kanehori, Bunsei Kawakami, Kiyokazu Kenmochi, Rie Kimura, Miki Kobayashi, Toshihiro Kuroita, Hisashi Kuwayama, Yukio Maruyama, Kiyoshi Matsuo, Kazuyoshi Minami, Mariko Mitsubori, Masatoshi Mori, Riyo Morishita, Atsushi Murase, Akira Nishikawa, Shigemichi Nishikawa, Toshihiko Okamoto, Noriko Sakagami, Yutaka Sakamoto, Yukari Sasaki, Tomoe Seki, Saki Sono, Akio Sugiyama, Tsuyoshi Sumiya, Tomoko Takayama, Yukiko Takayama, Hiroyuki Takeda, Takushi Togashi, Kazuhide Yahata, Hiroko Yamada, Yuka Yanagisawa, Yaeta Endo, Fumio Imamoto, Yasutomo Kisu, Shigeo Tanaka, Takao Isogai, Jun-ichi Imai, Shinya Watanabe, Nobuo Nomura

Nature Methods   5   1011 - 1017   2008年

The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts.

Genome Information Integration Project and H-Invitational 2 Consortium

Nucleic Acids Res.   36   D793-D799   2008年

Differential responses of normal human coronary artery endothelial cells against multiple cytokines comparatively assessed by gene expression profiles.

Miura A, Honma R, Togashi T, Yanagisawa Y, Ito E, Imai J, Isogai T, Goshima N, Watanabe S, Nomura N.

FEBS Lett.   580   6871 - 6879   2006年

Large-scale identification and characterization of alternative splicing variants of human gene transcripts using 56,419 completely sequenced and manually annotated full-length cDNAs.

Takeda J, Suzuki Y, Nakao M, Barrero RA, Koyanagi KO, Jin L, Motono C, Hata H, Isogai T, Nagai K, Otsuki T, Kuryshev V, Shionyu M, Yura K, Go M, Thierry-Mieg J, Thierry-Mieg D, Wiemann S, Nomura N, Sugano S, Gojobori T, Imanishi T.

Nucleic Acids Res.   34   3917 - 3928   2006年

Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes

Kouichi Kimura, Ai Wakamatsu, Yutaka Suzuki, Toshio Ota, Tetsuo Nishikawa, Riu Yamashita, Jun-ichi Yamamoto, Mitsuo Sekine, Katsuki Tsuritani, Hiroyuki Wakaguri, Shizuko Ishii, Tomoyasu Sugiyama, Kaoru Saito, Yuko Isono, Ryotaro Irie, Norihiro Kushida, Takahiro Yoneyama, Rie Otsuka, Katsuhiro Kanda, Takahide Yokoi, Hiroshi Kondo, Masako Wagatsuma, Katsuji Murakawa, Shinichi Ishida, Tadashi Ishibashi, Asako Takahashi-Fujii, Tomoo Tanase, Keiichi Nagai, Hisashi Kikuchi, Kenta Nakai, Takao Isogai, Sumio Sugano

Genome Res.   16   55 - 65   2006年

Signal Sequence and Keyword Trap in silico for Selection of Full-Length Human cDNAs Encoding Secretion or Membrane Proteins from Oligo-Capped cDNA Libraries

Tetsuji Otsuki, Toshio Ota, Tetsuo Nishikawa, Koji Hayashi, Yutaka Suzuki, Jun-ichi Yamamoto, Ai Wakamatsu, Kouichi Kimura, Katsuhiko Sakamoto, Naoto Hatano, Yuri Kawai, Shizuko Ishii, Kaoru Ssaito, Shin-ichi Kojima, Tomoyasu Sugiyama, Tetsuyoshi Ono, Kazunori Okano, Yoko Yoshikawa, Satoshi Aotsuka, Naokazu Sasaki, Atsushi Hattori, Koji Okumura, Keiichi Nagai, Sumio Sugano, Takao Isogai.

DNA Res.   12   117 - 126   2005年

Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones

Imanishi T, Itoh T, Suzuki Y, O'Donovan C, Fukuchi S, Koyanagi KO, Barrero RA, Tamura T, Yamaguchi-Kabata Y, Tanino M, Yura K, Miyazaki S, Ikeo K, Homma K, Kasprzyk A, Nishikawa T, Hirakawa M, Thierry-Mieg J, Thierry-Mieg D, Ashurst J, Jia L, Nakao M, Thomas MA, Mulder N, Karavidopoulou Y, Jin L, Kim S, Yasuda T, Lenhard B, Eveno E, Suzuki Y, Yamasaki C, Takeda J, Gough C, Hilton P, Fujii Y, Sakai H, Tanaka S, Amid C, Bellgard M, Bonaldo Md Mde F, Bono H, Bromberg SK, Brookes AJ, Bruford E, Carninci P, Chelala C, Couillault C, Souza SJ, Debily MA, Devignes MD, Dubchak I, Endo T, Estreicher A, Eyras E,----,Stodolsky M, Makalowski W, Go M, Nakai K, Takagi T, Kanehisa M, Sakaki Y, Quackenbush J, Okazaki Y, Hayashizaki Y, Hide W, Chakraborty R, Nishikawa K, Sugawara H, Tateno Y, Chen Z, Oishi M, Tonellato P, Apweiler R, Okubo K, Wagner L, Wiemann S, Strausberg RL, Isogai T, Auffray C, Nomura N, Gojobori T, Sugano S.

PLoS Biol.   2   856 - 857   2004年

Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs

Ota, T., Suzuki, Y., Nishikawa, T., Otsuki, T., Sugiyama, T., Irie, R., Wakamatsu, A., Hayashi, K., Sato, H., Nagai, K., Kimura, K., Makita, H., Sekine, M., Obayashi, M., Nishi, T., Shibahara, T., Tanaka, T., Ishii, S., Yamamoto, J., Saito, K., Kawai, Y., Isono, Y., Nakamura, Y., Nagahari, K., Murakami, K., Yasuda, T., Iwayanagi, T., Wagatsuma. M., -----, Nagase, T., Nomura, N., Kikuchi, H., Masuho, Y., Yamashita, R., Nakai, K., Yada, T., Nakamura, Y., Ohara, O., Isogai, T., Sugano, S.

Nature Genet.   36   40 - 45   2004年

Identification and clinical significance of somatic oncogenic mutations in epithelial ovarian cancer.

Watanabe T, Nanamiya H, Endo Y, Kojima M, Nomura S, Furukawa S, Soeda S, Tamura H, Ryufuku M, Tanaka D, Isogai T, Imai JI, Watanabe S, Fujimori K

Journal of ovarian research   14 ( 1 )   129   2021年10月

Clinical relevance of oncogenic driver mutations identified in endometrial carcinoma.

Watanabe T, Nanamiya H, Kojima M, Nomura S, Furukawa S, Soeda S, Tanaka D, Isogai T, Imai JI, Watanabe S, Fujimori K

Translational oncology   14 ( 3 )   101010   2021年3月

Tumor β-catenin expression is associated with immune evasion in non-small cell lung cancer with high tumor mutation burden.

Muto S, Ozaki Y, Yamaguchi H, Mine H, Takagi H, Watanabe M, Inoue T, Yamaura T, Fukuhara M, Okabe N, Matsumura Y, Hasegawa T, Osugi J, Hoshino M, Higuchi M, Shio Y, Nanamiya H, Imai JI, Isogai T, Watanabe S, Suzuki H

Oncology letters   21 ( 3 )   203   2021年3月（ ISSN:1792-1074 ）

Clinical implication of oncogenic somatic mutations in early-stage cervical cancer with radical hysterectomy.

Watanabe T, Nanamiya H, Kojima M, Nomura S, Furukawa S, Soeda S, Tanaka D, Isogai T, Imai JI, Watanabe S, Fujimori K

Scientific reports   10 ( 1 )   18734   2020年10月

Non-pathogenic Escherichia coli acquires virulence by mutating a growth-essential LPS transporter.

Kaito C, Yoshikai H, Wakamatsu A, Miyashita A, Matsumoto Y, Fujiyuki T, Kato M, Ogura Y, Hayashi T, Isogai T, Sekimizu K

PLoS pathogens   16 ( 4 )   e1008469   2020年4月（ ISSN:1553-7366 ）

Tumor mutation burden and immunological, genomic, and clinicopathological factors as biomarkers for checkpoint inhibitor treatment of patients with non-small-cell lung cancer.

Ozaki Y, Muto S, Takagi H, Watanabe M, Inoue T, Fukuhara M, Yamaura T, Okabe N, Matsumura Y, Hasegawa T, Ohsugi J, Hoshino M, Shio Y, Tanaka D, Nanamiya H, Imai JI, Isogai T, Watanabe S, Suzuki H

Cancer immunology, immunotherapy : CII   69 ( 1 )   127 - 134   2020年1月（ ISSN:0340-7004 ）

【日本バイオの技と粋(6)】 日本の完全長cDNAプロジェクトの話

菅野 純夫, 太田 紀夫, 磯貝 隆夫

バイオサイエンスとインダストリー   76 ( 4 )   320 - 327   2018年7月（ ISSN:0914-8981 ）

Prognostic Impact of Tumor Mutation Burden in Patients With Completely Resected Non-Small Cell Lung Cancer: Brief Report.

Owada-Ozaki Y, Muto S, Takagi H, Inoue T, Watanabe Y, Fukuhara M, Yamaura T, Okabe N, Matsumura Y, Hasegawa T, Ohsugi J, Hoshino M, Shio Y, Nanamiya H, Imai JI, Isogai T, Watanabe S, Suzuki H

Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer   2018年4月（ ISSN:1556-0864 ）

Exploring the possibility of new biomarkers of immune checkpoint inhibitors for non-small cell lung cancer (NSCLC)

Owada Y., Inoue T., Watanabe Y., Fukuhara M., Yamaura T., Muto S., Matsumura Y., Hasegawa T., Tanaka D., Kanno R., Ito E., Nanamiya H., Imai J., Isogai T., Watanabe S., Suzuki H.

Japanese Journal of Cancer and Chemotherapy   44 ( 9 )   763 - 766   2017年9月（ ISSN:03850684 ）

非小細胞肺癌における免疫チェックポイント阻害薬の新たなバイオマーカー抽出の可能性

大和田 有紀, 井上 卓哉, 渡邊 譲, 福原 光朗, 山浦 匠, 武藤 哲史, 松村 勇輝, 長谷川 剛生, 田中 大輔, 菅野 亮, 伊藤 恵美, 七宮 英晃, 今井 順一, 磯貝 隆夫, 渡辺 慎哉, 鈴木 弘行

癌と化学療法   44 ( 9 )   763 - 766   2017年9月（ ISSN:0385-0684 ）

[Exploring the Possibility of New Biomarkers of Immune Checkpoint Inhibitors for Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC)].

Owada Y, Inoue T, Watanabe Y, Fukuhara M, Yamaura T, Muto S, Matsumura Y, Hasegawa T, Tanaka D, Kanno R, Ito E, Nanamiya H, Imai J, Isogai T, Watanabe S, Suzuki H

Gan to kagaku ryoho. Cancer & chemotherapy   44 ( 9 )   763 - 766   2017年9月（ ISSN:0385-0684 ）

Identification of a long non-coding RNA as a novel biomarker and potential therapeutic target for metastatic prostate cancer

Crea F., Watahiki A., Quagliata L., Xue H., Pikor L., Parolia A., Wang Y., Lin D., Lam W., Farrar W., Isogai T., Morant R., Castori-Eppenberger S., Chi K., Wang Y., Helgason C.

Oncotarget   5 ( 3 )   764 - 774   2014年1月

次世代シーケンサーとAmpliSeq利用したがん組織におけるWhole Exome Sequence法による解析について

日本人類遺伝学会第59回大会・日本遺伝子診療学会第21回大会合同大会  

次世代DNAシーケンサーによる臨床応用に向けたがんゲノムの解析

ダイアローグ株式会社セミナー「ヒト生体試料と臨床情報を活用した創薬研究・個別化医療のStrategy」  

乳がん組織等におけるCancer PanelおよびAmpliSeq Exomeによる配列解析とデータ処理

CLCbioユーザーミーティング2014  

医療と産業を橋渡しする臨床がん組織のゲノム解析へ向けて

NGS現場の会　第三回研究会  

Development of DNA probes to analyze the human mRNA diversity using data of FLJ human cDNAs

AGBT2013 (The 14th Annual Advances in Genome Biology and Technology)  

ヒトmRNAの多様性を解析出来るプローブの開発

第35回分子生物学会年会  

mRNA diversity of genes by alternative splicing during neuronal differentiation of NT2 pluripotential human embryonal carcinoma cells by retinoic acid

12th International Congress of Human Genetics (ICHG2011) and the 61st ASHG Annual Meeting  

Genome-wide determination of RNA stability defines functionality of long non-coding RNAs in mammals

The EMBO Meeting 2011  

Alternative splicing of genes after inducing neuronal differentiation in NT2 pluripotential human embryonal carcinoma cells using all-trans retinoic acid

The 9th International Workshop on Advanced genomics  

FLJ Human Full-length cDNAs and the Use for Analyzing the Interactions between Drugs and Proteins

WDD-2011: BIT’s 2nd World DNA and Genome Day - 2011  

がんゲノム解析のトランスレーショナルリサーチ　～Ion Reporterは広大なゲノムを読み解くための辞書になるか～

生命医薬情報学連合大会2014