ジーンファクトリー部門

活動内容

最近、DNAシーケンサーでの解析コストの画期的な低減と高速化が進んできている。それにより、ゲノムセンターというような限られた組織でしかできなかった次世代シーケンサーを使ってのDNA塩基配列解析が、一研究室規模でも扱えるレベルになってきた。それにより、がんをはじめとする疾患解析に広く使われはじめてきている。

このような状況下で、ジーンファクトリー部門では、臨床現場で得られる様々ながん組織を採取、解析し、それらの特徴付けを行って医療と産業をつなぐトランスレーショナルリサーチにおいて、「がんおよび他の諸疾患患者における遺伝子塩基配列の変化を探索するとともにその検出方法の開発」を担当している。研究開発テーマは、「(1)臨床サンプル及び加工した細胞・組織等の生体サンプルにおける基盤ゲノム塩基配列情報の体系的取得・解析」及び「(2)疾患マーカー遺伝子・創薬標的遺伝子の探索と新規検出法の開発」である。

スタッフ

磯貝 隆夫 教授
七宮 英晃 准教授
田中 大輔 助教
髙橋 桃子 研究員
後藤 丈之 研究員
橋本 雄大 研究員

主な論文・学会発表等

研究員の過去の主な業績をリストアップしています

データベース

FLJ Human cDNA Database, http://flj.lifesciencedb.jp/

磯貝らは、FLJヒト完全長cDNAの取得・配列解析とそのデータベースを構築した

論文

  • Isogai, T., & Wakamatsu, A. Development of DNA probes to analyze the human mRNA diversity using data of FLJ human cDNAs. AGBT2013 (The 14th Annual Advances in Genome Biology and Technology), Marco Island, FL, USA , Feb. 20-23 (2013)
  • Wakamatsu, A., Imai, J., Watanabe, S., Isogai, T. Alternative splicing of genes during neuronal differentiation of NT2 pluripotential human embryonal carcinoma cells. FEBS Lett, 584, 4041-4047 (2010)
  • Wakamatsu, A., Kimura, K., Yamamoto, J., Nishikawa, T., Nomura, N., Sugano, S., Isogai, T. Identification and Functional Analyses of 11,769 Full-length Human cDNAs Focused on Alternative Splicing. DNA Res, 16, 371-383 (2009)
  • Kimura, K., Wakamatsu, A., Suzuki, Y., Ota, T., Nishikawa, T., Yamashita, R., Yamamoto, J., Sekine, M., Tsuritani, K., Wakaguri, H., Ishii, S., Sugiyama, T., Saito, K., Isono, Y., Irie, R., Kushida, N., Yoneyama, T., Otsuka, R., Kanda, K., Yokoi, T., Kondo, H., Wagatsuma, M., Murakawa, K., Ishida, S., Ishibashi, T., Takahashi-Fujii, A., Tanase, T., Nagai, K., Kikuchi, H., Nakai, K., Isogai, T., Sugano, S. Diversification of transcriptional modulation: Large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes. Genome Res., 16, 55-65 (2006)
  • Otsuki, T., Ota, T., Nishikawa, T., Hayashi, K., Suzuki, Y., Yamamoto, J., Wakamatsu, A., Kimura, K., Sakamoto, K., Hatano, N., Kawai, Y., Ishii, S., Saito, K., Kojima, S., Sugiyama, T., Ono, T., Okano, K., Yoshikawa, Y., Aotsuka, S., Sasaki, N., Hattori, A., Okumura, K., Nagai, K., Sugano, S., Isogai, T. Signal Sequence and Keyword Trap in silico for Selection of Full-Length Human cDNAs Encoding Secretion or Membrane Proteins from Oligo-Capped cDNA Libraries. DNA Res., 12: 117-126 (2005)
  • Ota, T., Suzuki, Y., Nishikawa, T., Otsuki, T., Sugiyama, T., Irie, R., Wakamatsu, A., Hayashi, K., Sato, H., Nagai, K., Kimura, K., Makita, H., Sekine, M., Obayashi, M., Nishi, T., Shibahara, T., Tanaka, T., Ishii, S., Yamamoto, J., Saito, K., Kawai, Y., Isono, Y., Nakamura, Y., Nagahari, K., Murakami, K., Yasuda, T., Iwayanagi, T., Wagatsuma, M., Shiratori, A., Sudo, H., Hosoiri, T., Kaku, Y., Kodaira, H., Kondo, H., Sugawara, M., Takahashi, M., Kanda, K., Yokoi, T., Furuya, T., Kikkawa, E., Omura, Y., Abe, K., Kamihara, K., Katsuta, N., Sato, K., Tanikawa, M., Yamazaki, M., Ninomiya, K., Ishibashi, T., Yamashita, H., Murakawa, K., Fujimori, K., Tanai, H., Kimata, M., Watanabe, M., Hiraoka, S., Chiba, Y., Ishida, S., Ono, Y., Takiguchi, S., Watanabe, S., Yosida, M., Hotuta, T., Kusano, J., Kanehori, K., Takahashi-Fujii, A., Hara, H., Tanase, TO., Nomura, Y., Togiya, S., Komai, F., Hara, R., Takeuchi, K., Arita, M., Imose, N., Musashino, K., Yuuki, H., Oshima, A., Sasaki, N., Aotsuka, S., Yoshikawa, Y., Matsunawa, H., Ichihara, T., Shiohata, N., Sano, S., Moriya, S., Momiyama, H., Satoh, N., Takami, S., Terashima, Y., Suzuki, O., Nakagawa, S., Senoh, A., Mizoguchi, H., Goto, Y., Shimizu, F., Wakebe, H., Hishigaki, H., Watanabe, T., Sugiyama, A., Takemoto, M., Kawakami, B., Yamazaki, M., Watanabe, K., Kumagai, A., Itakura, S., Fukuzumi, Y., Fujimori, Y., Komiyama, M., Tashiro, H., Tanigami, A., Fujiwara, T., Ono, T., Yamada, K., Fujii, Y., Ozaki, K., Hirao, M., Ohmori, Y., Kawabata, A., Hikiji, T., Kobatake, N., Inagaki, H., Ikema, Y., Okamoto, S., Okitani, R., Kawakami, T., Noguchi, S., Itoh, T., Shigeta, K., Senba, T., Matsumura, K., Nakajima, Y., Mizuno, T., Morinaga, M., Sasaki, M., Togashi, T., Oyama, M., Hata, H., Watanabe, M., Komatsu, T., Mizushima-Sugano, J., Satoh, T., Shirai, Y., Takahashi, Y., Nakagawa, K., Okumura, K., Nagase, T., Nomura, N., Kikuchi, H., Masuho, Y., Yamashita, R., Nakai, K., Yada, T., Nakamura, Y., Ohara, O., Isogai, T., Sugano, S. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs. Nat Genet, 36, 40-45 (2004)

著書

  • Isogai, T., & Wakamatsu, A. mRNA diversity of genes by alternative splicing during neuronal differentiation of NT2 pluripotential human embryonal carcinoma cells by all-trans retinoic acid. Editors: Cheng, L-H., & Yuto, Ito, Y. (2012). “Retinoic Acid: Structure, Mechanisms and Roles in Disease”, Nova Science Publishers, Inc. Hauppauge, NY, USA. 53-86 (2012) ISBN: 978-1-62100-597-1_ch3 (Open Access)
    https://www.novapublishers.com/catalog/product_info.php?products_id=34516

学会発表

  • Isogai, T., & Wakamatsu, A. Development of DNA probes to analyze the human mRNA diversity using data of FLJ human cDNAs. AGBT2013 (The 14th Annual Advances in Genome Biology and Technology), Marco Island, FL, USA , Feb. 20-23 (2013)